Aukščiausias Pastarųjų Dienų Šventųjų Jėzaus Kristaus Bažnyčios valdymo organas yra Pirmoji Prezidentūra, susidedanti iš prezidento ir dviejų jo patarėjų. Šis iš trijų žmonių susidedantis organas prižiūri visos Bažnyčios darbą visais taisyklių, organizaciniais ir administravimo klausimais.
Antras pagal eilę pirmininkaujantis organas Bažnyčios valdyme yra Dvylikos Apaštalų Kvorumas. Apaštalai tarnauja vadovaujami Pirmosios Prezidentūros ir prisiima sunkias administracines pareigas prižiūrėti tvarkingą Bažnyčios pažangą ir jos plėtrą visame pasaulyje. Pirmąją Prezidentūrą ir Dvylika Apaštalų pastarųjų dienų šventieji laiko pranašais, gaunančiais dievišką apreiškimą ir įkvėpimą vadovauti Bažnyčiai.
Naujas Bažnyčios prezidentas skiriamas tvarkingai, kad – visų nuostabai šiuolaikiniame pasaulyje – būtų išvengiama bet kokių vidinio lobizmo ieškant postų ar rangų apraiškų. Narių suprantamas kaip Dievo apreikštas toks procesas apsieina be rinkimų tiek užkulisiuose, tiek viešumoje.
Be to, šį procesą lemia ne tik Bažnyčios organizacijos struktūra. Bažnyčioje taip pat yra giliai įsišaknijusi tradicija, kad asmens siekimas vadovauti bet kokiame lygyje yra netinkamas. Veikiau akcentuojamas asmeninis vertumas ir nuolankus noras tarnauti, kai kviečiami.
Kai miršta Bažnyčios prezidentas, vyksta tokie įvykiai:
1. Pirmoji Prezidentūra automatiškai paleidžiama.
2. Abu patarėjai Pirmojoje Prezidentūroje grįžta į savo vietas pagal vyresnybę Dvylikos Apaštalų Kvorume. Vyresnybė nustatoma pagal asmens įšventinimo į Dvylika datą, o ne pagal amžių.
3. Dvylikos Apaštalų Kvorumas, kurį dabar sudaro 14 narių ir kuriam vadovauja vyriausiasis apaštalas, perima vadovavimą Bažnyčiai.
4. Vyriausiasis apaštalas pirmininkauja Dvylikos Kvorumo susirinkimui, kuriame svarstomi du alternatyvūs pasiūlymai:
1) Ar Pirmoji Prezidentūra turėtų būti reorganizuota šiuo metu?
2) Ar Bažnyčia turėtų ir toliau veikti pirmininkaujant Dvylikos Kvorumui?
5. Po aptarimo Dvylikos Apaštalų Kvorumas pateikia ir priima oficialų pasiūlymą.
6. Jei pasiūlymas reorganizuoti Pirmąją Prezidentūrą priimamas, Dvylikos Kvorumas vienbalsiai išrenka naująjį Bažnyčios prezidentą. Naujasis prezidentas išsirenka du patarėjus, ir jie trise tampa naująja Pirmąja Prezidentūra. Per visą Bažnyčios istoriją Bažnyčios prezidentu visada tapdavo ilgiausiai tarnaujantis apaštalas, kai būdavo reorganizuojama Pirmoji Prezidentūra.
7. Reorganizavus Pirmąją Prezidentūrą, antras ilgiausiai tarnavęs apaštalas yra palaikomas Dvylikos Kvorumo prezidentu. Kai antras pagal tarnavimo laiką apaštalas taip pat pašaukiamas į Pirmąją Prezidentūrą patarėju, pavaduojančiuoju prezidentu tampa trečias ilgiausiai tarnaujantis apaštalas.
8. Dvylikos Kvorumo prezidentas kartu su kitais apaštalais formaliai uždėdami rankas paskiria* naująjį Bažnyčios prezidentą.
Nuo Bažnyčios oficialaus įkūrimo 1830 m. balandžio 6 d. buvo 17 prezidentų, vienas kurių buvo prezidentas Raselas M. Nelsonas.
*Priėmę pašaukimą tarnauti tam tikrose pareigose, Bažnyčios nariai yra „paskiriami“, kad galėtų tarnauti. Tai daroma laikantis biblinės rankų uždėjimo tvarkos. Kunigijos vadovas uždeda rankas ant paskiriamo asmens galvos ir sukalba maldą, suteikdamas asmeniui įgaliojimą ir galią atlikti pareigybės pareigas ir suteikdamas asmeninį palaiminimą.